Welke synthesemethodologieën gebruikt Biorunstar voor peptidesynthese?
RE: Biorunstar heeft verschillende methodologieën voor oplossingsfasesynthese ontwikkeld om aan de eisen van klanten te voldoen. Meestal wordt vaste fase Fmoc-chemie toegepast.
Hoe verzenden jullie peptiden? Welke QC-gegevens worden verstrekt?
RE: Alle peptiden worden verzonden via DHL of FedEx Express, zoals in gelyofiliseerd poeder in individuele, goed geëtiketteerde flesjes, bij kamertemperatuur. Met uitzondering van ruwe peptiden, die alleen worden gecontroleerd met MALDI-MASS-spectrometrie, worden alle synthetisch gezuiverde peptiden geleverd met projectrapport (CoA), MS-gegevens en HPLC-gegevens. Er zullen gegevensbladen worden verstrekt die de belangrijkste kenmerken bevatten, zoals peptidesequentie, zuiverheid, hoeveelheid, modificatie, massaspectrumgegevens en HPLC-gegevens.
Wat is de typische doorlooptijd voor peptidesynthese? Hoe lang duurt het voordat het naar mij wordt verzonden?
RE: Onze typische doorlooptijd is 2-3 weken voor een standaardpeptide van minder dan 30 aminozuren. De doorlooptijd varieert afhankelijk van de peptidelengte, hoeveelheid, oplosbaarheid en moeilijkheidsgraad. Normaal gesproken 3-5 dagen om onderzoekers in andere landen te bereiken.
Hoe lang kun je synthetiseren?
RE: Biorunstar heeft uitgebreide ervaring in het synthetiseren van lange peptiden, tot 130aa. In tegenstelling tot veel peptideleveranciers die zich alleen op hun gemak voelen bij het maken van peptiden onder de 30 of 40aa, heeft Biorunstar goede ervaring met het maken van peptiden variërend van 40aa tot 90aa. Het is moeilijk om lange peptiden te synthetiseren, vooral 100aa of langer. Als u van plan bent een sequentie van 130aa of langer te synthetiseren, neem dan contact met ons op voor een aangepaste eiwitexpressie- en zuiveringsservice.
Wat als er problemen optreden tijdens het synthese- of zuiveringsproces?
RE: Elk peptide heeft zijn specifieke kenmerken. Als er tijdens de synthese buiten onze verwachting problemen optreden en we uw peptide niet op tijd kunnen leveren, zullen we u zo snel mogelijk informeren. Mocht het onverhoopt niet lukken om het peptide te maken, dan worden er bij u geen kosten in rekening gebracht.
TFA-zoutvorm, acetaat- of HCl-zoutvorm: welke vorm moet ik kiezen?
Standaard worden peptiden gesynthetiseerd in TFA-zout. Voor cel- of weefselkweekgerelateerde experimenten kunt u overwegen om peptiden te laten produceren in acetaat- of HCl-zoutvorm van 98% of hoger om abnormale reacties te voorkomen. Acetaat- of HCl-zoutvorm kan tegen meerprijs worden aangevraagd.
Wat is de houdbaarheid van een peptide?
RE: Peptiden zijn minimaal een jaar stabiel als ze gelyofiliseerd in de vriezer worden bewaard. Als peptiden worden opgelost, kan de houdbaarheid worden verkort. Als peptiden meerdere reactieve aminozuren bevatten die kunnen worden geoxideerd, zoals Trp, Met maar vooral Cys, kan de houdbaarheid ook worden verkort.
Het peptide bevat meerdere cysteïnes en kan daardoor gemakkelijk disulfidebindingen vormen. Hoe voorkom ik dit?
RE: Als de peptidesequentie meerdere cysteïnen of andere reactieve aminozuren bevat die gemakkelijk worden geoxideerd, biedt Biorunstar aan om het peptide te leveren met sporen van het sterke reductiemiddel DTT. Het peptide wordt alleen met DTT geleverd als dit specifiek is toegestaan door de klant.
Hoe bewaar ik mijn synthetische peptiden?
RE: De meeste gelyofiliseerde peptiden blijven 2-3 weken stabiel bij kamertemperatuur. Voor langdurige opslag moet u gelyofiliseerde peptiden bij -20 graad bewaren. Herhaalde vries-dooicycli moeten worden vermeden. Laat vóór het openen op kamertemperatuur komen. De houdbaarheid van peptideoplossingen is beperkt; een eenmaal bereide peptideoplossing moet zo snel mogelijk worden gebruikt.
Wat is de zuiverheid van het ruwe peptide en het ontzoute peptide? Hoe zuiver je het peptide? Wat zijn de onzuiverheden?
RE: Voor korte peptiden met normale sequenties onder 15aa is dit doorgaans 40-60% volgens HPLC voor ruwe kwaliteit; 50-70% volgens HPLC voor ontzoute kwaliteit. Hoe langer het peptide, hoe lager de zuiverheid voor ruw of ontzout. Peptiden worden in het algemeen gezuiverd door middel van HPLC met behulp van een water- en acetonitrilgradiënt. De meeste onzuiverheden zijn fragmenten of deletiepeptiden, onvolledig beschermde peptiden en resterend zout en water.
Uitleg van peptidezuiverheid door HPLC, totaal peptidegehalte en doelpeptidegehalte.
RE: Biorunstar verzendt peptiden op basis van het brutogewicht van het gevriesdroogde poeder. Het gevriesdroogde poeder bevat onzuiverheden zoals fragmenten of deletiepeptiden, onvolledig ontschermde peptiden, TFA en resterend water. Peptidezuiverheid wordt gemeten met HPLC. Het is de hoeveelheid correct peptide in verhouding tot alle analyten die absorberen bij ~214 nm (de peptidebinding absorbeert), hoogstwaarschijnlijk deletie, afknotting of onvolledig ontschermde sequenties, enz. Peptidezuiverheid door HPLC houdt geen rekening met water en zouten die gewoonlijk in het monster aanwezig zijn. Het totale peptidegehalte is het percentage van het totale aantal aanwezige peptiden ten opzichte van alles wat aanwezig is in het gelyofiliseerde peptidepoeder. Het totale peptidegehalte wordt bepaald door analyse van het stikstofgehalte. Het beoogde peptidegehalte in het gelyofiliseerde peptidepoeder kan dus worden geconcludeerd met de formule: Totaal peptidegehalte X Peptidezuiverheid volgens HPLC.
Wat is de methode voor fluoresceïne-labeling?
RE: FITC (Fluoresceïne-isothiocyanaat) is de geactiveerde voorloper die wordt gebruikt voor de fluoresceïne-labeling. Voor de efficiënte N-terminale labeling, een aminohexanoyl met zeven atomen
spacer (NH2-CH2-CH2-CH2-CH2-CH2-COOH) wordt ingevoegd tussen de fluorofoor (fluorosceïne) en de N-terminus van het peptide. Deze spacer helpt de fluorofoor te scheiden van zijn bevestigingspunt, waardoor mogelijk de interactie van de fluorofoor met het biomolecuul waaraan deze is geconjugeerd wordt verminderd en deze toegankelijker wordt voor secundaire detectiereagentia.
Is C-terminale labeling van biotine (of FITC) mogelijk?
RE: Ja. C-terminale labeling van biotine (of FITC) wordt gedaan door toevoeging van een lysineresidu aan het C-uiteinde van een peptide, en biotine (of FITC) wordt via een amidebinding aan de lysinezijketen gehecht. De positieve lading van Lysine wordt verwijderd.
Wat is de juiste peptidelengte voor de productie van antilichamen?
RE: Over het algemeen wordt een restpeptide van 10-25 aanbevolen. Een langer peptide zou meer epitopen kunnen hebben, maar zou ook een grotere kans kunnen hebben om stabiele secundaire structuren te vormen die geen natieve vormen zijn. Een korter peptide (<10aa) is generally not good unless there are valid reasons for it, such as potential sequence homology with a related family member or other proteins.
Wat is een KAART?
RE: MAPS of Multi-Antigene Peptide is een vertakt peptide waarbij lineaire peptideketens via polylysinekern aan hun C-uiteinde zijn gekoppeld, waardoor de omvang van het hele molecuul wordt vergroot. Dit wordt gedaan om de koppeling van peptiden aan KLH te elimineren. Het lijkt er echter op dat de conformatie van peptiden op MAP minder flexibel is, en antilichamen verkregen door MAP herkennen doorgaans het doeleiwit minder vaak dan door conventionele KLH-conjugatie. Bovendien wordt er bij het maken van MAPS geen vrij peptide geproduceerd, waardoor het moeilijk wordt om op de kern van polylysine gerichte antilichamen te verwijderen. Zuivering van MAPS door middel van HPLC is moeilijk, en MAPS wordt geleverd zonder massaverificatie vanwege de heterogeniteit en de grote moleculaire omvang ervan.
Waarom ziet mijn KLH-geconjugeerde peptide-oplossing er troebel uit?
RE: KLH of Keyhole Limpet Hemocyanine is een groot aggregerend eiwit (MW=4x105 – 1x107). Vanwege zijn grootte en structuur is de oplosbaarheid in water beperkt, waardoor een troebel uiterlijk ontstaat. Dit heeft geen invloed op de immunogeniciteit en de troebele oplossing kan worden gebruikt voor immunisaties.
Kun je de M+Na- en M+K-massapieken in MALDI-spectra verklaren?
RE: Het is heel gebruikelijk om Na (natrium) en K (kalium) adducten in het MALDI-spectrum te zien. Het natrium en kalium zijn afkomstig van het water dat in de peptide-oplosmiddelen wordt gebruikt. Zelfs gedestilleerd en gedeïoniseerd water bevat sporen van natrium- en kaliumionen, die nooit volledig kunnen worden verwijderd. Deze worden geïoniseerd tijdens het MALDI-massaspecificatieproces en binden aan de vrije carboxylgroepen van het peptide. Omdat er geen waterzuiveringssysteem is dat elk afzonderlijk natrium- of kaliumion uit water verwijdert, is het soms heel gebruikelijk en onvermijdelijk om de natrium- en kaliumadducten te zien in MALDI-massaspecificaties. Dit is geen indicatie dat het peptide niet zuiver is, en het mag ook niet worden verward met een onjuist molecuulgewicht.